在污染源头被摩托蜥碾碎的瞬间，整个乐园一切太晶光芒就此消散，厄诡椪的太晶化也随之解除。
所有人都不禁愣住，看着这一幕，还以为是又发生了什么更加严重的问题，但下一秒整片空间都被璀璨的太晶光芒覆盖。
他们发现自己好像已经离开了乐园，来到另外一处空间内，而在这前方不远处，正是骑着摩托蜥的星野，以及背负王冠的太乐巴戈斯……
“这又发生什么事了？”
莉莉艾不解地问着，身体的疲惫也在瞬间消失了，刚和妮莫他们走上前去，便听见星野在看到王冠的那一刻，提到了“零之秘宝”！
“！！！”
所有人不敢置信地望着，传说中能将幻想变为现实的零之秘宝，就是眼前太乐巴戈斯身上的王冠？
几人立刻来到星野身边，准备询问事情经过，但这时太乐巴戈斯背上王冠那些围绕着的太晶属性结晶，同时绽放光芒，在周围投影出画面。
“嗯？”
包括星野在内，所有人都被那投影的内容所吸引过去，太乐巴戈斯似乎想要通过这个，告诉他们什么……
投影内容开始放送，画面一转来到三千年前，在帕底亚北边的卡洛斯地区，正在爆发着史无前例的战争。
为了结束这一切，当时的卡洛斯王国国王AZ，抽取数万只宝可梦的生命制作∞能量，以及哲尔尼亚斯和伊裴尔塔尔的能量，启动了最终兵器。
整个卡洛斯地区在永恒之花的绽放下被毁，星球的生态系统被严重破坏，终于在基格尔德的出现下才得以修复，但也正因那次灾难对星球的破坏，导致星球意志也遭受了影响。
帕底亚巨坑是唯一连接星球意志的地方，遭受影响后，导致能量泄露，并化作了一块能实现幻想的结晶，被某个好运之人捡走。
后来那人依靠结晶，知晓了零之秘宝的存在，建立玛丽乔亚帝国来保管秘宝的秘密，并规定子孙后代，不到危急存亡之际，不允许使用秘宝的力量，可百年过去，偷偷滥用秘宝来实现自身贪欲已经成了帝国传统。
两千年前，掌管零之秘宝秘密的玛丽乔亚帝国一夜间消失，但仍有知晓这一秘密的皇亲国戚提前逃离。
只是没过多久，被探寻玛丽乔亚消失原因的帕底亚帝国军队发现，于是为了保命便交代了秘密，但还是避免不了被解决掉的结局。
当时的帕底亚帝国皇帝在知道零之秘宝的事后，立刻下令杀掉了一切相关人士，包括自己亲信，准备独吞秘宝，并接着动员举国上下所有人开始了这场长达千年之久的寻宝。
可人类的寿命终究是有限的，但皇帝为了获得零之秘宝而不择手段，开启和其他王国的战争，利用战争的鲜血和亡魂等价交换来使用炼金术。
帕底亚帝国最早就是靠炼金术控制宝可梦起来的，这也是他们统治这里，并能与玛丽乔亚帝国对等的资本，否则早就被推翻了。
炼金术进行的当天，晚年的皇帝也成功暴毙，新的皇帝遵从他的遗愿，将尸体抛下帕底亚巨坑，并继续听从遗愿，全力扶持第零区寻宝。
因为炼金术的效果，死去皇帝的灵魂和意识附着在了太晶结晶当中，他坚信自己迟早有一天能依靠炼金术复活，并获得秘宝实现永生！
第零区内所有那些神秘的符号，都是炼金术所留，帝国长达千年的寻宝中，不断将这些符号画在各处。
地面爆发的战争和灾难，一切都是为了这个炼金术等价交换的材料，巩固帕底亚帝国的统治，也是死去的皇帝为了让自己复活的计划。
可八百年前，帕底亚帝国最后一任皇帝创建橘子葡萄学院，撇下面子亲自出海找到望罗封印灾祸之宝，并为结束帕底亚长达千年的混乱，不顾他人反对，停止了第零区寻宝。
接着他合并周边王国，形成如今帕底亚地区，后来大力推广橘子葡萄学院，将炼金术的知识拆分并彻底舍弃，然后将新的知识教给别人，不希望这个世界上再有战争出现。
因寻宝停止，炼金术就此中断，皇帝复活计划也失败了，他恐怕做梦都没想到自己的后代中，会诞生这样为了结束战争，舍弃帝国荣耀的人。
后来，没能被炼金术吞噬的亡灵们，化作许多幽灵系宝可梦，生活在帕底亚的大地上，并繁衍生息……
两百年前，当时的橘子葡萄学院校长，为了学院的发展，大力投资赞助重启第零区探索计划，随后海哲组织了第零区观测队，进入帕底亚巨坑探险，并第一次抵达了最深处。
虽然炼金术失败，甚至如今完全消失在这个世界上，没有了炼金术的维持，皇帝的灵魂也彻底消散了，只剩下最后的执念和欲望依旧存在，伴随着太晶能量在第零区游荡。
可这份执念却偶然遇见，在第零区深处与观测队走散的海哲，对方带着一只摩托蜥，在找寻队友踪迹时，也在调查记录着底层的那些结晶。
然后他便发现了巨坑中最大的秘密，沉睡中的太乐巴戈斯……在玛丽乔亚帝国为了净化污染消失的同时，太乐巴戈斯也带着零之秘宝陷入了沉睡，不让其能力继续发动。
但因为海哲的靠近，太乐巴戈斯从沉睡中惊醒，而零之秘宝的能力也就此爆发，亲眼目睹这一幕的海哲和摩托蜥，都在瞬间失去了意识。
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